推薦使用Endo F Multi-kit對由于在蛋白質的三維結構中的聚糖位置而在非變性條件下對PNgase F裂解具有抗性的天然蛋白質進行去糖基化處理，因為已知這些酶對蛋白質構象的敏感性較低。

每一種酶的具有不同的N-連接的聚糖的特異性：
內切糖苷酶F1斷裂這樣的高甘露糖和某些雜合型N-聚糖
內切糖苷酶F2釋放雙觸角和高甘露糖聚糖（以40X減小的速率）
內切糖苷酶F3將釋放triantennarry和巖藻糖基雙觸角N-聚糖

應用：
–抗PNGase F切割的天然蛋白質的去糖基化–
聚糖類型的測定（高甘露糖，雙觸角，三/四臂觸角）
–脫糖基化時通常會沉淀的脫糖基化蛋白
– X射線晶體學

這三種酶在寡糖的核心中的兩個GlcNAc殘基之間裂解天冬酰胺連接的（N-連接的）寡糖，生成截短的糖分子，其中一個N-乙酰氨基葡糖殘基保留在天冬酰胺上，增強了蛋白質的溶解性。相反，PNGase F可以完整清除寡糖。

使用說明

1.向Eppendorf管中加入多達200μg糖蛋白。用去離子水將最終體積調整為34μl。
2.加入10μlEndo F2 / F3 5x反應緩沖液，250 mM乙酸鈉pH 4.5。如果單獨使用Endo F1酶，請使用Endo F1緩沖液，250 mM磷酸鈉pH 5.5。
4.將2.0μl每種酶添加到反應中。在37°C下孵育3小時。
通過SDS-PAGE監控切割。